En 614, Colomban, un moine irlandais, charge Saint-Eustase de fonder trois établissements religieux en Berry : un à Isle-sur-Marmande, un second à à Jouy-sur-Aubois et le dernier à Charenton. Ainsi naît l'abbaye de Bellavaux. Au XIIe siècle, une église placée sous le vocable de Notre-Dame. En 1116, chasse les religieuses pour indiscipline, et installe des chanoines dans l'abbaye. Les religieuses reprennent possession des lieux, lors du décès du pape Eugène III et de l'archevêque.

En 1791, plusieurs religieuses quittèrent l'abbaye à la suite des visites répétées de la commission constituée du maire et d'administrateurs du district, charger de gérer leurs biens. Un an plus tard, la commission s'empare d'objets précieux de l'abbaye, et l'abbesse quitte elle aussi les lieux.

Le 27 prairial an IV, soit en 1795, les bâtiments sont vendus comme bien nationaux, lesquels seront livrés à la démolition peut de temps après. Charenton devient pendant le haut Moyen-Âge, le siège d'un fief dépendant de la seigneurie de Bourbon, et tenu par la famille de Déols. Les Déols qui arrivent sur le territoire vers 1005, élèvent une "motte" féodale et un rempart défensif dont quelques vestiges sont encore visibles aujourd'hui. Charenton était bourbonnaise jusqu'en 1790, puit la commune devient berrichonne.