La Vallée des Cailles est un haut lieu de la botanique.

Dès le XIXème siècle, la Vallée des Cailles intéresse les botanistes comme GABRIEL, instituteur à Rouvres, l’Abbé BROU d’Oulins, et LEFEVRE,
auteur en 1866 d'une flore d'Eure-et-Loir qui cite souvent Boncourt. Plus récemment, des scientifiques du Muséum d'Histoire Naturelle de Chartres s'y sont penchés à leur tour et un inventaire floristique exhaustif y a été mené depuis 1994 par Michel JOLY.

La flore est étonnante: véritable vallée des Orchidées, la Vallée des Cailles n’abrite pas moins de 14 espèces différentes. Leur préciosité fait d’elles les reines des pelouses à partir d'avril.

On y trouve aussi une faune remarquable: 6 espèces de mollusques, 2 espèces de reptiles, plus d’une trentaine d’oiseaux, avec notamment la Bondrée apivore, protégée au niveau européen, 8 espèces de mammifères et une multitude d’insectes aux affinités méridionales, dont la petite Cigale des montagnes, espèce en limite nord d’aire de répartition, et la Mante religieuse...

On y trouve enfin un grand nombre de cailloux de silex appelés "cailles".

Voir le Conservatoire du patrimoine naturel de la région Centre (CPNRC)